På samme måte som med andre former for matproduksjon er noen forbrukere interessert i organisk akvakultur.  Fiskeoppdrettere har imidlertid vært trege til å ta i bruk den organiske standarden, og mange påstår at den moderne akvakulturen allerede har et "organisk" prinsipp, men at den ikke følger de strenge juridiske tolkningene av temaet. Hovedprisippene for organisk akvakultur er som følger:

• overvåking av miljømessig innvirkning
• naturlige oppdrettsprosedyrer uten bruk av hormoner og antibiotika
• integrering av naturlige plantesamfunn i oppdretts management
• ingen bruk av uorganisk kunstgjødsel (kun relevant for karpeoppdrettere)
• ingen syntetiske midler mot skadedyr og ugress
• fôr og kunstgjødsel fra godkjent organisk landbruk og fiskeri
• organic criteria of sustainability for fishmeal sources
• fravær av GMO i bestander og fôr
• stocking tetthetsgrense
• begrensning av energiforbrukrestriction of energy consumption (f.eks angående oxygenation)
• fortrinnsvis bruk av naturmedisiner
• foredling med godkjent organisk utstyr